Anthozoa được chia thành hai phụ lớp Octocorallia và Hexacorallia, là các nhóm đơn ngành và thường có cấu trúc đối xứng 8-chiều và 6-chiều theo thứ tự.[3] Ceriantipatharia từng được cho là nhóm riêng biệt nhưng hai bộ của nó là Ceriantharia và Antipatharia hiện được xem là một phần của Hexacorallia. Các bộ còn sinh tồn được thể hiện bên tay phải.[2]

Hexacorallia baogo622m các loài tạo rạn san hô quan trọng như san hô cứng (Scleractinia), Actiniaria và các họ hàng của nó Ceriantharia, và Zoantharia. Các nghiên cứu di truyền về ribosomal DNA cho thấy Ceriantharia là một nhóm đơn ngành và là nhóm cổ nhất hoặc nhánh cơ sở trong số các bộ.[4]

Octocorallia bao gồm Pennatulacea, san hô mềm (Alcyonacea), và san hô lam (Helioporacea). Gorgonian là một phần của Alcyonacea và chúng từng được chia thành các bộ riêng biệt.[2]

Nhiều bộ san hô tuyệt chủng đã được phân loại dựa trên khung xương canxi của chúng từ các hóa thạch. Chúng được cho là có quan hệ gần với tổ tiên của các loài Scleractinia hiện đại và đã từng tồn tại trong suốt Đại Cổ sinh 570–245 triệu năm trước:[5][6]

• Numidiaphyllida †
• Kilbuchophyllida †
• Heterocorallia †
• Rugosa †
• Heliolitida †
• Tabulata †
• Cothoniida †
• Tabuloconida †